Antrag auf Einstellung des Verfahrens, den der Staatsanwalt beim Berufungsgericht Giovanni Malerba am 5. August 1997 beim römischen Untersuchungsrichter stellte.
Interview des Autors mit dem Opus-Dei-Priester Pedro Huidobro, Rektor von Sant’Apollinare: »Ich glaube nicht, dass nach der Zeit Napoleons hier irgendjemand außer De Pedis bestattet wurde, abgesehen von Kardinal Domenico Jorio, der 1954 gestorben ist.«
Die Staatsanwaltschaft Rom ermittelte gegen Sergio Virtù, Angelo Cassani, genannt »Ciletto«, Gianfranco Cerboni, genannt »Gigetto«, die alle zur römischen Mafia gehörten. Die Ermittlungen gegen sie wurden später eingestellt.
Die Information über die Zahlung von über einer halben Milliarde Lire geht aus einer Wohnraumüberwachung des römischen Mafioso Giuseppe De Tomasi hervor, der den Betrag am 29. November 2009 im Gespräch mit seinem Schwager Marcello nannte. »Damals wurden«, so kann man in dem Antrag der Staatsanwaltschaft Rom auf Einstellung des Verfahrens lesen, »600 Millionen in bar an Kardinal Poletti gezahlt. ›Wir haben sie in kleinen Scheinen präpariert‹. De Tomasi wurde zudem am 27. April 2010 vernommen und erklärte, in seinen Kreisen habe man sich erzählt, dass De Pedis an den Priester von Sant’Apollinare 500 oder 600 Millionen Lire gezahlt habe, um über Kardinal Poletti die Möglichkeit zu erhalten, in der Basilika beerdigt zu werden. Bei der Vernehmung am 25. Mai 2011 erklärte De Tomasi zudem, das Geld sei Vergari von Renatinos Bruder, Marco De Pedis, überreicht worden. In der Anhörung von Marco De Pedis bezüglich der Bestattung seines Bruders in Sant’Apollinare schloss dieser jedoch aus, dass Außenstehende an der Sache beteiligt gewesen seien und dass neben den für die Sanierung notwendigen Geldern weitere Zahlungen erfolgten.«
Bei Fällen, die in der Öffentlichkeit besonders wahrgenommen werden, greift der italienische Staat zur Krisenbewältigung stets zu Geheimverhandlungen. Abgesehen von den bekannten Absprachen zwischen Staat und Mafia, die bei verschiedenen noch laufenden Prozessen eine Rolle spielen, durchzieht das Phänomen die gesamte italienische Nachkriegsgeschichte. Zu den offensichtlichen Fällen gehören mehrere Entführungsfälle der siebziger Jahre, ob durch organisierte Kriminalität (Anonima Sarda und ’Ndrangheta) oder Terroristen wie die Roten Brigaden. Regierung und Staat sind sehr zurückhaltend, was Informationen zu Absprachen oder auch nur zu Lösegeldzahlungen betrifft. Doch unter Staatspräsident Oscar Luigi Scalfaro gab es beim Verfassungsschutz, damals Sisde, bekanntlich Sondermittel für solche Fälle und der militärische Nachrichtendienst Sismi verfügte über Mittel für Lösegeldzahlungen, mit denen italienische Techniker und Entwicklungshelfer in Kriegsgebieten freigekauft wurden. Zudem berichteten verschiedene Kronzeugen wie etwa Filippo Barreca von Entführungen durch die ’Ndrangheta, bei denen der Staat bei eingegriffen habe.
Die tatsächlichen Besitzverhältnisse gehen aus den Lateranverträgen hervor, die am 11. Februar 1929 vom italienischen Staat und dem Vatikan unterzeichnet und am 7. Juni 1929 im »Acta Apostolicae Sedis« veröffentlicht wurden. In Artikel 16 heißt es: »Die in den drei vorausgehenden Artikeln genannten Immobilien, sowie die als Sitze der folgenden päpstlichen Anstalten dienenden: Gregorianische Universität, Bibelinstitut, Orientalisches, Archäologisches Institut, Russisches Seminar, Lombardisches Kolleg, die beiden Paläste von St. Apollinare und das Exerzitienhaus für den Klerus von St. Johann und Paul werden nie Beschränkungen oder Enteignungen aus Gründen des öffentlichen Nutzens unterworfen werden, außer nach vorheriger Übereinkunft mit dem Heiligen Stuhle. Auch sind sie von ordentlichen wie außerordentlichen Abgaben an den Staat wie an irgendeine andere Stelle frei. Es steht in der Befugnis des Heiligen Stuhls, allen in diesem und den drei vorausgehenden Artikeln genannten Immobilien die Gestalt zu geben, die er für gut befindet, ohne dass es einer Ermächtigung oder Zustimmung der italienischen Regierungs-, Provinz- oder Gemeindebehörden bedarf, die in diesem Punkte sicher auf die edlen künstlerischen Überlieferungen rechnen können, deren sich die Katholische Kirche rühmt.« In der Vergangenheit hatte auch der ehemalige Rektor Vergari gegenüber Ermittlern auf seiner Autonomie bestanden. So bescheinigte er schwarz auf weiß, dass »die Basilika von Sant’Apollinare laut dem Konkordat zwischen dem italienischen Staat und dem Heiligen Stuhl vom 14. Februar 1929 ausschließliches Eigentum des Apostolischen Stuhls ist, in dessen Befugnis es steht, der Immobilie die Gestalt zu geben, die er für gut befindet, ohne dass es einer Ermächtigung oder Zustimmung der italienischen Regierungs-, Provinz- oder Gemeindebehörden bedarf.« Eine Fotoreproduktion des Dokuments findet sich in dem Buch von Raffaella Notariale, Segreto criminale (mit Sabrina Minardi, Rom 2010,https://books.google.de/books?id=IINLgy0iBEYC&pg=PT42&lpg=PT42&dq=raffaella+notariale+segreto+criminale+la+risposta+di+vergari&source=bl&ots=Lk-sFOLEdQ&sig=_9DTv89e2WW_cKnlEz9JP3g9nwk&hl=de&sa=X&ved=0ahUKEwjUpOTI-M3bAhXD3CwKHTcICwYQ6AEIQDAD#v=snippet&q=risposta&f=false). Das Dokument, so heißt es dort, sei »Vergaris Antwort auf die Anfrage der römischen Antimafiabehörde, zur Aufklärung der Umstände von De Pedis’ Bestattung in der Krypta beizutragen.«
Das geht aus einer Privaturkunde zwischen dem Opus Dei, vertreten durch Prälat Álvaro del Portillo, und dem Vatikan hervor, die am 18. Dezember 1990 von Kardinal Lajolo unterschrieben und am 22. Januar 1991 von der Rechtsabteilung des Governatorats registriert wurde.
In dem Brief an Vergari schreibt Ruini, dass die Tätigkeit des Priesters mit 31. August »endet, da das gesamte vom Heiligen Stuhl genutzte Gebäude dann als Sitz der Päpstlichen Universität vom Heiligen Kreuz in den Besitz der Prälatur vom Heiligem Kreuz und Opus Dei übergeht.« Als neuen Rektor ab dem 1. September ernennt Ruini Franco Calzona, der vom Prälat der Prälatur vom Heiligen Kreuz und Opus Dei vorgestellt wurde.
Die Sanierungsarbeiten der Kellerräume werden gemeinsam mit den Umbauarbeiten für das gesamte Gebäude 2002 geplant, nach einer Ausschreibung dem Unternehmen Castelli Re anvertraut und 2003 begonnen.
Der Rektor Pedro Huidobro gab sich in einem Interview für »La Stampa« sehr friedfertig: »Ich weiß nicht, ob zwischen dem Verschwinden von Emanuela Orlandi und dem Begräbnis des Mafiabosses überhaupt ein Zusammenhang bestehen kann«, aber »wenn es dazu beiträgt, alle Zweifel zu beseitigen, kann das Grab auch morgen noch geöffnet und der Leichnam umgebettet werden. Auch die Familie De Pedis ist damit einverstanden. […] Wir stimmen allem zu, was der Aufklärung dient, und werden in vollem Umfang zur Aufklärung beitragen. Es sollte alles getan werden, um Klarheit zu schaffen. Wenn keine Leute mehr in die Basilika kämen, um sich De Pedis Grab anzugucken, wären wir sehr erleichtert und könnten unseren Tagesgeschäften endlich wieder in Ruhe nachgehen.«