Zwischen 1803 und 1822 unterstand ganz Sibirien einem einzigen, in Irkutsk ansässigen Generalgouverneur. 1822 wurde es in zwei Hauptverwaltungsgebiete geteilt: ein Generalgouvernement Westsibirien mit Sitz in Omsk und ein Generalgouvernement Ostsibirien mit Sitz in Irkutsk. Sie wurden jeweils von einem Generalgouverneur geleitet, der St.Petersburg Bericht erstattete und die Gouverneure der einzelnen Regionen überwachte. Das westsibirische Generalgouvernement umfasste die Regionen Tobolsk, Tomsk und Omsk (Letztere wurde später aufgelöst und verschmolz einerseits teilweise mit der Region Tobolsk und untergliederte sich andererseits in die beiden neuen Regionen Semipalatinsk und Akmolinsk); das ostsibirische Generalgouvernement setzte sich aus den Regionen Irkutsk, Jenissej, Jakutsk und Transbaikalien zusammen. Jede Region (gubernija oder oblast) hatte eine Verwaltungshauptstadt und bestand aus einer Reihe von Kreisen (ujesd), die jeweils mehrere Landgemeinden (wolost) enthielten. Manche Bezirke (okrug), etwa der Nertschinsker Bergbaubezirk, entzogen sich dieser Hierarchie; an ihrer Spitze stand ein hoher Beamter, der dem Zaren direkt verantwortlich war. 1882 schaffte man das westsibirische Generalgouvernement ab, unterstellte die Regionen Tomsk und Tobolsk der unmittelbaren Kontrolle der Zentralregierung und machte die Regionen Semipalatinsk und Akmolinsk zum neuen Generalgouvernement der Steppe. Das ostsibirische Pendant wurde in die beiden neuen Generalgouvernements Priamursk (1884) und Irkutsk (1887) unterteilt. Priamursk verwaltete die Regionen Transbaikalien, Primorsk, den Amur und die Insel Sachalin; Irkutsk war für die Regionen Jenissej, Irkutsk und Jakutsk zuständig. Diese Verwaltungseinheiten blieben bis 1917 im Wesentlichen erhalten.