I de afsluttende stadier af slaget ved Gaines' Mill blev der taget fanger. Blandt dem, der blev taget til fange af sydstatshæren, var nogle af D.H. Hills West Point-kammerater. En af dem var general John Reynolds, som begravede ansigtet i hænderne, da han så, hvem det var, der havde taget ham til fange. De havde væres messekammerater i den gamle hær i seks måneder og havde delt telt sammen. Reynolds sagde: “Hill, vi burde ikke være fjender.” Han havde lagt sig til at sove under en pause i kampen og var blevet taget til fange, da han blev fundet afskåret fra sine tropper. Hill forsikrede ham om, at der ikke var noget nag mellem dem, og at hans ulykke blot var et af krigslykkens uberegnelige luner. Reynolds blev senere dræbt ved Gettysburg efter at være blevet udvekslet.

Tilbagetoget fra Gaines' Mill bragte den 29. juni kampen til Savage's Station, hvor Unionen havde etableret et stort hospital. Kampen ved Savage's Station var alt i alt mindre voldsom end ved Gaines' Mill, eftersom formålet med den ikke var offensivt – at angribe Richmond – men at sikre en retrætelinje til Malvern Hill, som McClellan havde udset sig til afmarch og afbrydelse af Syvdagesslaget. De fleste kamphandlinger fandt sted mellem artilleribatterier. Det førte til slaget ved Glendale's eller Frayser's Farm – endnu et nordstatsfremstød for at komme væk fra Richmond ned imod Jamesfloden ved Malvern Hill. Glendale talte som en nordstatssucces, fordi sydstatshæren blev slået tilbage overalt. Hærens artilleri og forsyningstræn blev evakueret i god behold til Malvern Hill, og infanteriet kunne samles på Malvern Hill, klar til kamp den 1. juli.

Nordstatshæren havde bragt 36 kanoner fra seks batterier i stilling sammen med et Connecticut-belejringsbatteri på højdedraget, så de kunne skyde hen over hovederne på deres eget infanteri mod fjendens angrebslinjer. Under kampene den 30. juni forårsagede nordstatsartilleriet alvorlige tab og ødelæggelser blandt sydstatsbatterierne overfor. Det var først sent på eftermiddagen den 1. juli, at sydstatshæren begyndte at presse infanteriet frem imod nordstatshærens linje, hvor infanteriet lå spredt imellem kanonstillingerne. Sydstatshæren led store tab og blev overalt drevet tilbage. Da mørket faldt på, begyndte nordstatshæren sit tilbagetog til bredden af Jamesfloden ved Harrison's Landing. Nordstatshærens tab i løbet af de syv dage beløb sig til 15.855, mens Army of Northern Virginia mistede 20.204.

Lincoln sendte Halleck, der nyligt var blevet udnævnt til øverstbefalende, af sted til McClellan for at tage hæren i øjesyn og rådgive om de næste bevægelser. Under en samtale i Washington udtalte Lincoln, at han var sikker på, at McClellan ikke ville kæmpe mere under felttoget. Han sagde, at hvis han var i stand til at sende McClellan 100.000 mand, ville han blive ekstatisk og meddele, at han nok skulle erobre Richmond. Men næste dag ville han rapportere, at Sydstaterne havde 400.000 mand, og at han ikke kunne avancere, med mindre han fik tilsendt flere soldater. Halleck ankom til Harrison's Landing, hvor der var blevet gravet forskansninger, og spurgte McClellan, hvad han havde i sinde. McClellan insisterede på, at han ville rykke frem mod Richmond langs James-linjen og indtage Petersburg på vejen. Halleck bad ham konsultere sine officerer, hvilket han gjorde. De stemte for at rykke frem mod Richmond, hvis de blev forstærket med 20.000 mand. Samtidig vurderede McClellan fortsat det indbyrdes styrkeforhold til 90.000 imod 200.000, hvilket gjorde hans angrebsplaner meningsløse. Ved Hallecks tilbagekomst til Washington telegraferede han ydermere til Lincoln for at sige, at ved nærmere eftertanke ville han få brug for ikke 20.000, men 40.000 flere tropper. Et sådant antal var ikke til rådighed, og Lincoln beordrede derfor Halleck til at give ordre til McClellan om at trække sig tilbage. Der blev sendt skibe af sted, og i slutningen af august befandt Army of the Potomac sig om bord på dem, på vej hjem til Washington.

Således endte den bedste chance, Unionen skulle få under hele konflikten for at gøre en hurtig ende på krigen. Lee havde ført Syvdagesslaget med stor dygtighed. McClellan havde forkludret samtlige chancer. Hans stilling ved Mechanicsville og Beaver Dam Creek var ugunstig. Ikke desto mindre kunne han have draget fordel af en hvilken som helst af de mellemliggende træfninger, af hvilke kun Glendale-Frayser's Farm og Gaines' Mill virkelig blve udkæmpet hårdt. På Malvern Hill havde han alle fordele: en stærk og dominerende stilling, overlegenhed i artilleristyrke og tilstrækkeligt med infanteri. Malvern Hill var en nordstatssejr. McClellan pressede imidlertid ikke på for at opnå et udfald, der kunne være blevet forvandlet til et vendepunkt en af de efterfølgende dage. Hele felttoget bekræfter hans kritikeres opfattelse af, at McClellan var psykologisk afskrækket fra at presse kamphandlinger frem til et resultat. Af frygt for nederlag forsøgte han ikke at vinde.

Både Nordens og Sydens ledelse satte høje forhåbninger til, at overlegent feltherretalent skulle kunne indfri deres mål. George McClellan gav et rammende, om end ikke overbevisende udtryk for sin filosofi omkring borgerkrigsførelsen i et brev til præsident Lincoln, skrevet den 7. juli 1862, lige efter Syvdagesslaget, som man ellers skulle tro, havde sat spørgsmålstegn ved forestillingen om, at Konføderationen ikke var fuldt ud indstillet på at splitte Unionen. Krigen, skrev han, “måtte føres efter de ædleste principper, den kristne civilisation kender. Det burde ikke være en krig, der under nogen omstændigheder søger at undertvinge befolkningen i nogen stat. Det burde slet ikke være en krig mod befolkningen, men imod væbnede styrker og politiske organisationer. Hverken beslaglæggelse af ejendom, politiske henrettelser af personer, territorial organisation af stater eller tvangsophævelse af slaveriet burde overvejes så meget som et øjeblik."²⁷ Det siger sig selv, at næsten alle de principper, McClellan fremfører, blev brudt, også hans afvisning af “territorial organisation af stater", som blev overtrådt med adskillelsen af det vestlige Virginia fra resten af Virginia – ikke blot praktisk utilrådeligt ifølge McClellans vurdering, men også forfatningsmæssigt tvivlsomt. Nordstaternes moderation blev ikke gengældt af Syden, hvor der var en tørst efter sejr lige fra krigens start; men Syden opfattede sig selv som den forurettede part, der var udsat for angreb fra de indbildske Nordstater.