Der Frachter Eliza ruft im Onyx-System um Hilfe. Die Proxima, gerade in der Nähe, erhält den Auftrag, sich darum zu kümmern. Offenbar wurde die Eliza von Piraten überfallen. Hamilton und seine Techniker sollen das Schiff wieder flott machen, von Kampen kümmert sich um die Verletzten. Doch da wendet sich das Blatt …
Zadiya Ark hat mittlerweile die freie Raumstation Ursa erreicht. Dort gibt es einen fähigen Chirurgen, der bereit ist, das Geld des Widerstands zu nehmen und Ark in eine Kopie ihrer Halbschwester zu verwandeln. Doch leider hat auch ihr alter Feind Captain Kraus mit seinem Kreuzer Anaconda gerade dort angelegt …
Die Kolonien der Terranischen Republik erklären sich für unabhängig – und es entflammt ein Krieg von galaktischem Ausmaß. Nach einer katastrophal verlorenen Schlacht birgt der republikanische Sternkreuzer Proxima einige Geflüchtete und weitere Überlebende. Unter Kommando von Captain Zadiya Ark flieht die Proxima in Richtung des republikanischen Hauptquartiers bei der Wega an. Die Systeme des Schiffes sind überlastet, die Besatzung am Ende der Kräfte. Doch Aufgeben ist keine Option.
Was niemand in der Crew ahnt: unter den Geretteten befindet ein Verräter. Der republikanische Admiral Bonet hat sich den Kolonialen angeschlossen und beabsichtigt, die Reise der Proxima zu sabotieren.
Doch auch von außerhalb droht Gefahr! Die kolonialen Streitmächte unter dem Kommando von Captain Kraus sind der Proxima stets dicht auf den Fersen. Doch dann erhält die Crew der Proxima eine Unterstützung, mit der niemand gerechnet hat. Eine außerirdische Entität schützt den Sternkreuzer vor seinen Gegnern, und die Proxima wird Zeuge des ersten Kontakts zwischen Menschen und Aliens! Doch die Motive der Außerirdischen bleiben rätselhaft …
So erreicht der Sternkreuzer letztendlich doch sein Ziel. Aber bei der Ankunft wird klar: sie sind zu spät. In der entscheidenden Schlacht um die Flottenstation kann die Proxima nichts dazu beitragen, den Sieg der Kolonialen zu verhindern. Die letzte Alternative sieht Captain Ark darin, auf ihren Heimatplaneten Khalid zu flüchten, wo ihr und ihrer Crew Asyl gewährt werden kann.
Der verheerende Bürgerkrieg ist vorbei – zumindest vorerst. Die Nachkriegsordnung hängt vor allem von einer Frage ab: Wer kann sich als erster überlegene außerirdische Technologie sichern? Denn die Alien-Entität, die sich den Namen Caliban gegeben hat, stellt sich als überlegene KI heraus. Und sie bittet die Menschen um Hilfe: In ihrem Heimatsystem ist ein Vernichtungskrieg von Maschinenwesen namens Zu7 gegen alle anderen Spezies ausgebrochen. Verantwortlich dafür angeblich: die Menschheit!
Wie kann das sein? Die Machthaber von Khalid entscheiden, die Proxima zu entsenden – weniger aus Hilfsbereitschaft denn aus Interesse an der Alien-Technologie. Die Terranische Republik ist ebenfalls interessiert: Admiral Bonet, mittlerweile zum Befehlshaber aufgestiegen, beauftragt Captain Gerard Kraus – denn beide haben noch eine Rechnung mit Zadiya Ark offen …
Kurz vor dem Start der Proxima kommt es auf Khalid zu einer Revolte. Das System schließt sich der neuen Republik – den ehemaligen Kolonialen – an. Zadiya Ark startet dennoch. In Calibans Heimat versucht sie als erstes, den Opfer des unerbittlichen Krieges der überlegenen Zu7 zu helfen. Captain Kraus hingegen sieht seine Chance auf außerirdisches Know-How darin, sich den Zu7 anzuschließen. Und nebenbei wird er so seine Rechnung mit Ark begleichen können.
Schließlich kommt Ark mithilfe eines mitgereisten Kybernetikers hinter das Geheimnis: Vor Beginn des kolonialen Befreiungskampfes hatte ein Konzern menschliche Klone in die Alien-Systeme geschickt. Doch statt die Kontaktaufnahme zu ermöglichen, übernahmen die Klone die Herrschaft über die Maschinenwesen der Zu7. Mangels emotionaler Sozialisierung gingen sie daran, ihre Vormachtstellung auszubauen – mit allen Mitteln. Und der Konzern, der die Klone entsandt hatte, ging in den Wirren des Krieges unter …
Erst im letzten Moment gelingt es Ark und ihrer Crew, ein altes Loyalitätsprotokoll der Maschinen zu hacken, um die totale Vernichtung zu verhindern … auch die von Kraus, der sich die falschen Verbündeten ausgesucht hatte.