Med ökade resurser och mer erfarenhet började den svenska marinen i slutet på 1980-talet bli allt bättre på att lyssna in olika ljud i vattnet. Och det mesta verkade vara ubåtsljud. Nu hörde man ubåtar överallt. Det började med det s.k. typljudet, och fortsatte med den s.k. komprimerade kavitationseffekten.
Typljudet registrerades först 1985 och kopplades till ett tillfälle 1984 då man också haft en optisk observation, samt en sonarkontakt med ett objekt som var cirka 30 m långt. Det ledde till bedömningen att ljudet orsakats av en dittills okänd miniubåt. Ljudet kom under resten av 1980-talet att registreras vid ett tjugotal tillfällen, främst i Östersjön men också i Bottenhavet och Västerhavet.
Marinen och analysgruppen gav typljudet högt bevisvärde, och klassificerade indikationerna som säker ubåt. ÖB anslöt sig och skrev så sent som 1992 att ytterligare information nu erhållits som kunde knyta typljudet till ubåt.
På andra håll inom Försvarsmakten var man i början på 1990-talet inte längre lika säker. Man beslöt undersöka om ljudet kunde härröra från zoologiska fenomen. Fiskeriverket kopplades in. Samtidigt diskuterades frågan med andra länder i väst och där rådde delade meningar.
Vissa svenska ubåtsförband blev med tiden också tveksamma. Då en ubåt närmade sig ljudet hade man märkt att detta plötsligt upplöstes och försvann. År 1995 kom Försvarets forskningsanstalt fram till slutsatsen att typljudet hade alstrats av en mängd källor.
En särskild utredning rekommenderade 1998 att man inte skulle klassificera ljudet som säker ubåt, utan endast som möjlig ubåt. Denna rekommendation accepterades av marinen.
Året efter gjordes nya undersökningar som entydigt visade att de inspelade ljudeffekterna hade åstadkommits av sill.
Den särskilda utredningen konstaterade att fisk kunde vara en tänkbar förklaring till samtliga tidigare typljud. Därmed försvann en lång rad ”säkra ubåtar” ur Försvarsmaktens statistik.
Den komprimerade kavitationseffekten, som marinen genom åren också hade dragit stora växlar på, hade rönt samma öde några år tidigare.
År 1992 fick Försvarsmakten ett förbättrat system för passiv spaning i skärgårdsområdena med bland annat fler sonarbojar. Med hjälp av detta system kunde man detektera och registrera betydligt svagare ljud än tidigare.
Samma år registrerade marinen vid sex tillfällen ljud som uppfattades innehålla komprimerad kavitation, ett ljud som uppstår genom tryckförändringar i vattnet då en propeller roterar. Marina analysgruppen gjorde i samtliga fall bedömningen att ljudet med säkerhet härrörde från en ubåt.
Också året därpå, 1993, registrerades detta ljud vid sex tillfällen och bedömdes efter analys med säkerhet härröra från en ubåt. Tre av dessa angavs i ÖB:s rapport 1994 som konstaterade kränkningar.
Även den komprimerade kavitationseffekten blev föremål för ingående studier och diskussioner med kollegor i andra länder i väst. I dessa kontakter konstaterade experter från ett västland redan 1992 att inspelningarna saknade någon form av det lågfrekventa ljud som en ubåt normalt ger ifrån sig. Året efter, 1993, gjordes i ett annat västland samma observation. I stället bedömde man att det kunde röra sig om en biologisk källa till ljuden.
År 1994 erinrade experterna i det första landet försiktigt sina svenska kollegor om att ”i vattnet finns det många biologiska ljudkällor”.
Band med inspelningar av komprimerad kavitation diskuterades också i de svensk-ryska samtalen 1992 och 1993. Den svenska sidan lyckades få ryssarna med på att det handlade om en undervattensfarkost. Men ryssarna påpekade att deras apparatur inte var lika sofistikerad som den svenska.
Inom FOA började tvivlen komma. Experterna där misstänkte att ljudkällan låg närmare vattenytan. Under en övning med kustflottan i maj 1994 i Östergötlands skärgård erhöll man ett 30-tal sonarbojskontakter, som dessutom inte gav ett logiskt mönster. Marinen drog slutsatsen att de egna besättningarna ännu inte hade tillräcklig färdighet.
Experterna inom FOA ville undersöka biologiska orsaker och planerade försök med simmande rådjur.
I juli samma år registrerade marinen i Stockholms skärgård en sonareffekt som liknade komprimerad kavitation. Bandet insändes omgående till experterna vid MUSAC som bedömde detta som ubåt. I direkt anslutning till området för inspelningen hade dock någon observerat simmande mink.
Under hösten 1994 gjordes prov med simmande mink, och det konstaterades att dessa kunde avge kavitationsljud. FOA gjorde då en förnyad granskning av alla inspelade kavitationsljud. I inget fall kunde man bekräfta misstanken om ubåt.
Inom Försvarsmakten tvingades man göra en ny analys av alla rapporter om kavitationsljud. Registreringar om detta fanns sedan 1985. Av 42 rapporter om detta från 1985 och framåt kunde nu i efterhand bara en bedömas som sannolik ubåt.
ÖB fick revidera sina rapporter till regeringen för 1993 och 1994 och dra slutsatsen att den komprimerade kavitationseffekten hade inget eller ringa bevisvärde för främmande undervattensverksamhet. ÖB fick ompröva sin rapport om 1993 års påstådda kränkningar och konstaterade att ingen av de tre rapporterade kränkningarna kvarstod.
Allt detta hindrade inte den svenska regeringen att med kraft driva frågan om fortsatta kränkningar i sina kontakter med det nya Ryssland. Expertsamtalen hankade sig fram och skapade irritation i de bilaterala svensk-ryska förbindelserna. Och statsministern själv ingrep med jämna mellanrum i frågan. När ingenting annat hjälpte beslöt han skriva ett brev till den ryske presidenten.