Eines war Perl völlig klar: Er durfte auf keinen Fall zulassen, dass die Gestapo oder die SS ihn in die Finger bekam. Nicht lebendig. Denn er konnte sich noch gut an sein letztes Gespräch mit Eichmann im Zuge der Schließung der Stubenring-Kanzlei erinnern, als dieser ihm gedroht hatte, ihn schon noch zu erwischen. Insofern konnte er sich ausmalen, dass das Wiedersehen mit dem „Stellvertreter des Teufels“ sehr unangenehm ausfallen würde. Weder wollte Perl Eichmann diese Genugtuung gönnen, noch wollte er einem solchen Verbrecher die Macht über sein Schicksal zugestehen. So fasste er einen schweren Entschluss und ersuchte die griechischen Polizisten in seiner Begleitung knapp vor der jugoslawischen Grenze um einen Gang zur Zugstoilette. Seinem Wunsch wurde stattgegeben und nachdem er die Tür hinter sich verriegelt hatte, zückte er ein Rasiermesser und schnitt sich die Pulsadern auf. Als die Polizisten das Blut bemerkten, das unter der Tür hervortrat, brachen sie sie auf. Perl wurde aus dem Zug geschleppt und im Niemandsland zwischen Jugoslawien und Griechenland von einem jugoslawischen Arzt behandelt. Dieser beschwor seine Landsleute bei der Grenzwache, den Schwerverletzten keinesfalls einreisen zu lassen. Die griechischen Beamten hatten zwar die strikte Anweisung, Perl unter allen Umständen loszuwerden, doch es blieb ihnen nichts anderes übrig, als ihn wieder mitzunehmen. Fürs Erste wurde er bei einer Bauernfamilie im Grenzort Idomeni untergebracht, bei der er sich erholen sollte, bis ein Weitertransport möglich war.
Damit war Perls Auslieferung an Deutschland immerhin aufgeschoben und die zuvor von Eliyahu Gleser und anderen als skrupellose Profiteurin gescholtene Lola Bernstein bekam Gelegenheit, zu seiner Rettung herbeizueilen. Nachdem sie von seinem Unglück gehört hatte, flog sie von Bukarest nach Saloniki und erreichte, dass Perl zur weiteren Genesung in ein städtisches Gefängnis verlegt wurde. In weiterer Folge verhalf ihm ausgerechnet ein deutscher Geistlicher – und pikanterweise der Beichtvater der deutschen Gesandtschaft in Athen – zu einem Visum für Portugal, mit dem er Griechenland verlassen konnte. Wie für die Passagiere seiner Transporte, die oft zum Spielball des Schicksals geworden waren, begann für Perl nun ein Spießrutenlauf, der geprägt war von Hilflosigkeit, Schikanen durch uneinsichtige Behörden und der ständigen Angst, verhaftet oder gar deportiert zu werden. So wurde ihm bei seiner so sehnlich erwarteten Ankunft in Lissabon mitgeteilt, seine Papiere seien nicht in Ordnung und er werde daher nach Italien zurückgeschickt. Dort drohte ihm mit großer Wahrscheinlichkeit die Abschiebung nach Deutschland.
Erneut schnitt Perl sich die Pulsadern auf, doch dieses Mal nur aus Taktik und zum Schein, um Zeit zu gewinnen. Im Sintra-Krankenhaus nahe Lissabon überzeugte ein ihm wohlgesinnter Arzt die Behörden, dass seine – obwohl nur oberflächlichen – Verletzungen zu gefährlich für eine Verlegung waren. Drei Wochen kurierte Perl sich aus, dann machte er sich im Mai 1940 daran, einen neuen Transport von Portugal aus vorzubereiten. Doch die Briten hatten ihn noch nicht aus den Augen verloren. Als er sich im Hafen von Lissabon nach einem brauchbaren Schiff umsah, wurde er von einem ihm unbekannten Mann angesprochen, bei dem es sich wohl um einen britischen Diplomaten oder Agenten handelte. Die Botschaft war jedenfalls eindeutig: Entweder stellte Perl seine Aktivitäten umgehend ein oder er fände sich in Bälde in einem Flugzeug nach Deutschland wieder.
Perl wusste, dass es Zeit war, aufzugeben. In Portugal gab es für ihn nichts mehr zu tun, und so traf er die einzige Entscheidung, die für jemanden wie ihn sinnvoll war. Nachdem er mindestens 8000 jüdischen Flüchtlingen auf 14 Transporten – die Zahlen lassen sich nicht exakt bestimmen – direkt oder indirekt die Flucht vor den Nationalsozialisten ermöglicht hatte, war es endlich an der Zeit, selbst nach Palästina zu gehen.244 Perl war sich bewusst, dass er sich im Untergrund würde bewegen müssen, um nicht von den Briten verhaftet zu werden. Aus diesem Grund wählte er eine Route, die weniger im Fokus der Behörden stand. Er wollte per Schiff Afrika umfahren und sich seinem Ziel von Süden durch das Rote Meer nähern. Ein wesentlicher Grund dafür war vermutlich der Umstand, dass das Mittelmeer mit dem Kriegseintritt Italiens zur Kampfzone geworden war – eine unerfreuliche Entwicklung, die sich natürlich negativ auf künftige Flüchtlingstransporte auswirkte.
Mit einem chinesischen Visum buchte Perl eine Passage in die portugiesische Kolonie Mosambik und ließ im Sommer 1940 das alte Europa an Bord der Mouzinho hinter sich. Einer seiner Mitreisenden war Moshe Smilansky, ein Veteran der Jewish Legion aus dem Ersten Weltkrieg, Landbesitzer in Palästina und Schriftsteller. Mit ihm führte Perl lange Gespräche, die Anteil daran hatten, dass er unterwegs seine Pläne änderte. Denn ihm wurde immer klarer, dass die Briten ihn vermutlich weiterhin jagen würden. Er hatte ursprünglich zwar auf die Irgun gezählt, doch diese würde unverhältnismäßig viele Ressourcen für seinen Schutz aufwenden müssen, anstatt Leute zu unterstützen, die ihrer Hilfe dringender bedurften. Die langen Tage auf der Mouzinho, während derer er viel Zeit zum Nachdenken hatte, führten Perl insofern schmerzhaft vor Augen, dass es für ihn keine Zukunft in Palästina gab, zumindest nicht in der momentanen Situation. In den Vereinigten Staaten konnte ein Mann wie er hingegen wesentlich mehr bewirken, dieser Meinung war auch Smilansky. Nach der Landung in Mosambiks Hauptstadt Lourenco Marques, heute Maputo, suchte Perl daher das US-Konsulat auf und beantragte als gebürtiger Prager ein Visum für Staatsangehörige der nicht mehr existenten tschechoslowakischen Republik. Davon gab es reichlich, weil auf dem afrikanischen Kontinent die für diese Personengruppe reservierte Quote, anders als in Europa, bei Weitem nicht ausgereizt war – so viele Flüchtlinge aus der Tschechoslowakei hatten sich dann doch nicht nach Afrika verirrt.
Im August 1940 ging Perl in Mosambik schließlich an Bord eines Schiffs mit dem Ziel Baltimore. Es ist gut möglich, dass ein weltweit beachtetes Ereignis diese Entscheidung maßgeblich beeinflusste: Am 3. August war der Gründer und Anführer der revisionistischen Bewegung, Wladimir Zeev Jabotinsky, in der Nähe von New York einem Herzinfarkt erlegen. Perl hatte davon bei einem Zwischenstopp an der südwestafrikanischen Küste gehört und sah darin vielleicht einen Wink des Schicksals, dass auch für ihn das Kapitel der Alija Bet beendet war. Auch wenn er die heimliche Einwanderung nach Palästina noch eine Zeit lang materiell unterstützte, indem er Geld für Schiffe sammelte, wandte er sich in Amerika doch anderen Dingen zu.245
So wurde die Fahrt über den Atlantik zu einem Schritt in ein völlig neues Leben. Und in gewisser Weise zu einer Reise ohne Wiederkehr.